O Setor de Lactário é localizado dentro do complexo Funfarme, seu horário de funcionamento é 24 horas, porém com dispensação de dietas seguindo o Ofício de Padronização do setor. Nele ocorre a produção de fórmulas infantis e fórmulas enterais pediátricas, papas de frutas e o porcionamento de leite materno recebido diariamente do Banco de Leite Humano de São José do Rio Preto. São produzidas mais de 1.000 mamadeiras, dietas enterais, seringas, água (para sonda) por dia. A produção ocorre em três períodos (manhã, tarde e noite). As dietas são transportadas à copa do Hospital da Criança e Maternidade, com rigoroso controle de higienização e controle de temperatura e as copeiras são responsáveis por entregar as mamadeiras para a enfermagem. Há avaliações microbiológicas mensais, controle em conjunto com a Serviço de Controle de Infecção Hospitalar (SCIH) e serviços especializados para garantir a segurança e qualidade das dietas produzidas.